Tahun 1959 – 6192 Pecah perang Brata Yudha antara APNII dan APRI.
Menurut Syari’at walaupun kekuatan NII lebih kecil dibanding kekuatan musuh, namun hal ini bukan alasan untuk mundur, namun kalau sudan terjadi pengkhianatan, ini lain soal. Melihat gelagat ini Imam SMK memanggil seluruh komandan-komandan APNII dari tingkat Bupati keatas secara bergilir untuk diberikan amanat-amanat sebelum terjadi “Masa Fathrah” kurang lebih isi amanatnya sebagai berikut:
- Diperintahkan kepada segenap Mujahid dan Mujahidah untuk kembali ke “semangat Gunung Cupu” yaitu memegang teguh dan merealisasikan Kalimat Laa Ilaaha Ilal-Llah Muhammadar Rasulullah, dengan prinsip operasional “Laa ……” Tidan/Non/berpaling) yang ada pada dasar juangnya harus karena mentaati perintah-perintah mengharap ridho Allah SWT.
- Mujahid harus menjadi Mujtahid, jelasnya seluruh APNII terutama para pemimpinnya harus berijtihad sendiri, jangan taqlid lingkungan atau pada pimpinan selkalipun, bila ia menyerah.
- Selamatkan Mujahid dan Mujahidah dengan taktik “Khod’ah”/taktik tipu musuh maksudnya pura-pura.